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Sempre nel 1988 Borgonovo viene chiamato in Nazionale, con cui esordisce il 22 febbraio 1989 nella ripresa contro la Danimarca. Nel giro di un mese colleziona 3 presenze, che tuttavia saranno le sole della sua carriera, dopo quelle nell'Under 21 del 1985. Al termine della stagione il Milan, proprietario del cartellino di Borgonovo, richiama l'attaccante a Milano, nella speranza di trovare in lui il sostituto ideale di Pietro Paolo Virdis. Borgonovo vuole restare a Firenze, città alla quale è ormai legatissimo: insiste quindi con Adriano Galliani affinché gli venga concesso almeno un altro anno di prestito, ma la sua richiesta non viene esaudita. Rientrato al Milan Borgonovo fatica ad ambientarsi: non digerisce gli schemi di Arrigo Sacchi, e continua a sentire una forte nostalgia per Firenze e la Fiorentina. Ciò nonostante il suo avvio è promettente: segna un gol nel 3-0 contro il Cesena alla prima di campionato, e una tripletta al Galatasary. Purtroppo però dopo soli due mesi si infortuna gravemente al ginocchio. Operatosi a Firenze per sua volontà, rientra dopo una lunga convalescenza appena in tempo per dare un buon contributo nella vittoria finale in Coppa dei Campioni, segnando gli unici due gol in trasferta della squadra (ad Helsinki e in semifinale contro il Bayern Monaco). Fondamentale si rivela la sua prestazione proprio nelle due partite di semifinale il contro il Bayern Monaco: all'andata il Milan passa in casa per 1-0 con un rigore di Marco van Basten fischiato per un fallo sull'ex giocatore di Como e Fiorentina; al ritorno Borgonovo segna il gol in trasferta che, nonostante la sconfitta per 2-1, spinge il Milan verso la finale. Nei supplementari di quella partita, all'ultimo minuto, Borgonovo manda incredibilmente alto il tiro del possibile 2-2, sfiorando una storica doppietta in Europa. Al termine della stagione, nonostante gli elogi di Arrigo Sacchi, che lo avrebbe volentieri tenuto al Milan, Borgonovo vuole coronare il suo sogno di vestire nuovamente la maglia viola. Stefano però, reduce dall'infortunio al ginocchio, non è più lo stesso di prima. Anche la Fiorentina è cambiata molto: dopo le cessioni Baggio e Dunga la proprietà del club è passata a Mario Cecchi Gori, che come primo acquisto annuncia proprio Borgonovo. Dopo due campionati anonimi Borgonovo nel 1992 passa al Pescara e segna 9 reti, non riuscendo però a salvare la squadra dalla serie B. Borgonovo si trasferisce quindi all'Udinese con cui segna 5 reti in 12 partite. Proprio a Udine chiude nel 1996 la carriera, dopo la parentesi di un anno al Brescia: nelle ultime due annate non riesce mai ad andare in gol. Passano un po' di anni prima che Stefano muova i primi passi da allenatore, tutti compiuti all'interno della società che l'ha visto crescere, il Como, con le diverse formazioni giovanili. Lascia nel 2005 per problemi di salute. Il 5 settembre 2008 annuncia di essere stato colpito (come tanti altri giocatori del passato) dalla SLA (sclerosi laterale amiotrofica) e di non riuscire a parlare se non per mezzo di un sintetizzatore.
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La sclerosi laterale amiotrofica, chiamata SLA, o anche morbo di Lou Gehrig, (dal nome del giocatore statunitense di baseball che fu la prima vittima accertata di questa patologia), malattia di Charcot o malattia dei motoneuroni, è una malattia degenerativa e progressiva del sistema nervoso che colpisce selettivamente i cosiddetti neuroni di moto (motoneuroni), sia centrali - 1° motoneurone a livello della corteccia cerebrale, sia periferici - 2° motoneurone, a livello del tronco encefalico e del midollo spinale. Fu descritta per la prima volta nel 1860 dal neurologo francese Jean-Martin Charcot, ed attualmente le sue cause sono ancora ignote.
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Il referto del medico vale quanto un biglietto della lotteria; può essere quello giusto.
(Arthur Schopenhauer)
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Bisogna vivere come si pensa, altrimenti si finirà per pensare a come si è vissuto. (Paul Bourget)